个人简介
秦芳菲博士，2026年起加入天津大学合成生物与生物制造学院，英才副教授、博士生导师。本科毕业于中山大学药学院（导师：陈新滋 院士/黎兴术 教授），博士毕业于北京大学（导师：陈鹏 教授），随后在怀特海德研究所/麻省理工学院（MIT）从事博士后研究（合作导师：Rudolf Jaenisch 院士）。
研究领域
将合成生物学与干细胞生物学相结合，开发用于细胞工程和治疗干预的下一代工具。研究计划包括三个相互补充的方向：
1) 染色质动态机制解析：通过化学生物学、合成生物学等手段，结合多组学工具，解析染色质动态调控机制。
2) 基因和细胞疗法开发：设计基因/细胞疗法，精准靶向遗传性基因疾病。
3) 跨物种基因进化：聚焦重复序列、转座元件，辅助AI计算结合干细胞平台，探索跨物种基因进化。
学术成就
提出了“染色质化的空间蛋白质组学”概念。入选海河英才计划，主持国自然青年项目（转座子介导的染色质化蛋白质组学研究），参与2025年教育部、财政部共同启动实施的“基础学科和交叉学科突破计划（合成高等生物学）”，天津市面上项目（基于 hiPSCs 模型探究 ATP6V1B2 基因变异导致神经系统新表型的致病机制研究）等。迄今为止在Cell，Nat. Biomed. Eng.，Nat. Commun.，JACS，Angew. Chem.等杂志上发表多篇文章。获得包括北京市优秀毕业生，北京大学优秀毕业生，五四奖学金等多项荣誉。2025年，受邀参加第九届环太平洋化学大会（美国夏威夷），并主持“表观遗传前沿”分会。
代表性文章
1. Fangfei Qin#,*, Boyuan Li#, Hui Wang, Sihui Ma, Jiaofeng Li, Shanglin Liu, Linghao Kong, Huangtao Zheng, Rongfeng Zhu, Yu Han, Mingdong Yang, Kai Li, Xiong Ji*, Peng R. Chen* Linking chromatin acylation mark-defined proteome and genome in living cells. Cell, 2023, 186(5), 1066-1085.
2. Xin D. Gao#, Maximiliano Presa#, Jordyn E. Duby, Jennifer Ryan, Pierre-Alexandre Piec, Alvin Hsu, Samagya Banskota, Allen Yujie Jiang, Lingxiao Chen, Gregory A. Newby, Erminia Di Pietro, Jonathan M. Levy, Bradford H. Steele, Sarah Lecordier, Fangfei Qin, Ann B. Moser, Jun Xie, Guangping Gao, Nancy E. Braverman, Aamir R. Zuberi, Joseph G. Hacia, Cathleen M. Lutz* & David R. Liu* In vivo base editing rescues liver pathophysiology and peroxisome dysfunction in a mouse model of Zellweger spectrum disorder. Nature Biomedical Engineering 2026 DOI: 10.1038/s41551-026-01651-5.
3. Xiao Xie#, Xiao-Meng Li#, Fangfei Qin#, Jianwei Lin, Gong Zhang, Jingyi Zhao, Xiucong Bao, Rongfeng Zhu, Haiping Song, Xiang David Li*, and Peng R. Chen Genetically encoded photoaffinity histone marks. Journal of the American Chemical Society 2017, 139(19), 6522-6525.
4. Hui Wang, Boyuan Li, Linyu Zuo, Bo Wang, Yan Yan, Kai Tian, Rong Zhou, Chenlu Wang, Xizi Chen, Yongpeng Jiang, Haonan Zheng, Fangfei Qin, Bing Zhang, Yang Yu, Chao-Pei Liu, Yanhui Xu, Juntao Gao, Zhi Qi, Wulan Deng, and Xiong Ji* The transcriptional coactivator RUVBL2 regulates Pol II clustering with diverse transcription factors. Nature Communication, 2022, 13(1), 5703.
5. Huixin Luo#, Wei Tang#, Hongyu Liu, Xiangmei Zeng, William Shu Ching Ngai, Rui Gao, Heyun Li, Ran Li, Huangtao Zheng, Jianting Guo, Fangfei Qin, Gang Wang, Kexin Li, Xinyuan Fan,* Peng Zou*, and Peng R. Chen* Photocatalytic chemical crosslinking for profiling RNA–Protein interactions in living cells. Angewandte Chemie International Edition 2022, 61(27), e202202008.
